Bonifratrzy przybyli do Warszawy w roku 1649 dzięki fundacji Bogusława Leszczyńskiego, wspieranej materialnie i duchowo przez opata płockiego, późniejszego biskupa kijowskiego Tomasza Ujejskiego. Dzięki ho
jnemu zapisowi braci Morsztynów – łowczego koronnego Tobiasza i referendarza Jana, w 1664 roku przenieśli się z odległego wówczas Leszna na teren obecnego Ogrodu Saskiego, by w końcu w roku 1728 za panowania Augusta II Mocnego, który pokrył koszty budowy, osiąść na stałe w nowej siedzibie, zaprojektowanej przez słynnych podówczas architektów Józefa Fontanę i Antoniego Solariego, przy obecnej ulicy Bonifraterskiej. Z czasem konwent warszawski stał się siedzibą prowincjałów.
Za przykładem założyciela zakonu św. Jana Bożego bracia wychodzili na ulice Warszawy i zabierali do swego szpitala najuboższych chorych, których z wie1ką biegłością leczyli, karmili i świadczyli im wszelką pomoc. Jednym z najznamienitszych lekarzy w bonifraterskim szpitalu był brat Ludwik Perzyna, autor dzieł z zakresu anatomii, położnictwa, chirurgii i higieny.
Jako znakomici sanitariusze Bonifratrzy warszawscy wzywani byli na wyprawy wojenne, świadczy1i też pomoc – nie tylko medyczną, -powstańcom z 1831 i 1863 roku, co sprowadzało na braci liczne represje ze strony władz carskich. W roku 1865, po stłumieniu. Powstania Styczniowego, na mocy dekretu cara Aleksandra II dokonano kasaty klasztorów bonifraterskich w zaborze rosyjskim, w tym konwentu warszawskiego. Zniszczono lub wywieziono większość klasztornego archiwum, a szpital przekazano władzom świeckim.
II wojna światowa, a zwłaszcza Powstanie Warszawskie, podczas którego szpital bonifratrów był jednym z głównych punktów obronnych grupy „Śródmieście”, zamieniły klasztor, szpital i kościół w stertę gruzów.
Po wojnie na polecenie Prymasa Polski Augusta kard. Hlonda, potwierdzone następnie przez Stefana kard. Wyszyńskiego, bonifratrzy powrócili do Warszawy i niezwłocznie zabrali się najpierw do odgruzowania, a później odbudowy kościoła, w czym znaczny udział mieli ojcowie Linus Danel i Serafin Kloc. Z czasem bracia odbudowali część klasztoru, gdzie mogli zamieszkać, oraz niewielki, przylegający do kościoła część dawnych skrzydeł szpitala, którą jednak zajęły władze świeckie. Zasłużony, od ponad 200 lat związany z Warszawą Szpital św. Jana Bożego przy ulicy Bonifraterskiej, który w czasie wojny podzielił tragiczny los miasta, nie został po wojnie odbudowany. Na należącym do braci, placu wzniesiono osiedle mieszkaniowe.
W roku 1969 decyzją władz Archidiecezji Warszawskiej utworzono w konwencie samodzielny rektorat, a pierwszym rektorem został zasłużony o. Serafin Kloc, który jako prowincjał przeniósł w 1972 roku Urząd Prowincjalski z Krakowa do Warszawy. Sylwetka O. Serafina znajduje się w linku pod artykułem. W roku 1976 ówczesny Prymas Polski – Stefan kard. Wyszyński erygował parafię p.w. św. Jana Bożego, a jej pierwszym proboszczem został o. Teodor Książkiewicz.
Od 1982 roku do wczesnych lat dziewięćdziesiątych istniał przy konwencie punkt wydawania leków z darów oraz apteka i punkt poradnictwa ziołoleczniczego. Parafia p.w. św. Jana Bożego prowadzona była przez wspólnotę bonifraterską do końca 2013 roku. 1 stycznia 2014 roku, zgodnie z decyzją Zarządu Generalnego i Zarządu Prowincji Polskiej Zakonu Szpitalnego, została przekazana Diecezji Warszawskiej. Obecnie jest to kościół rektorski.
O. Serafin Kloc – pierwszy duszpasterz odbudowanego kościoła