Bonifratrzy przy swoich szpitalach zakładali także pomocne w ich pracy apteki. Nie inaczej było też w Krakowie, jakkolwiek apteka na potrzeby szpitalne wystarczała w zupełności. W związku z tym bonifratrzy zamierzali prowadzić również usługi aptekarskie dla innych mieszkańców, starając się o otwarcie apteki publicznej. Z różnych względów aż do naszych czasów pozostawało to tylko w sferze planów.
Najstarszymi znanymi dokumentami, zezwalającymi bonifratrom krakowskim na powszechną sprzedaż lekarstw, są tzw. dekrety dworskie z 1748 r. i 1768 r., ale rozbiory Rzeczpospolitej przekreśliły w praktyce te zamierzenia. Po przeprowadzce na Kazimierz także austriackie władze zaborcze nie wyrażały długo zgody, pomimo prób podejmowanych ustawicznie przez bonifratrów, np. dużym kosztem otwarto w 1865 r., zgodnie z ówczesnymi wymogami aptekę, ale osobista interwencja prezydenta Krakowa Józefa Dietla doprowadziła do jej zamknięcia. Dopiero w 1912 r. zaświtała nadzieja na zmianę statusu apteki szpitalnej na powszechną. Wówczas władze zgodziły się, nareszcie, na pozytywne załatwienie tej sprawy, jednak zdecydowana postawa aptekarzy krakowskich, doprowadziła rok później do cofnięcia zgody. Do końca XX w. sprawy tej nie rozwiązano.
Starania zakonników sprawiły, że ostatecznie 28 lutego 2003 r. otwarto prywatną aptekę bonifraterską noszącą nazwę „Uzdrowienie Chorych”. Znajduje się ona na parterze budynku przy ul. Krakowskiej 50, przylegającego do kościoła od strony południowej. Jest to budynek piętrowy, który swoje początki datuje na przełom XVI i XVII w. W 1 połowie XVII w. został całkowicie przebudowany, a w XX w. dwukrotnie restaurowany.
Asortyment apteki:
- Preparaty ziołowe gotowe i recepturowe
- Leki gotowe i recepturowe
- Przeciwżylakowe wyroby pończosznicze
- Parafarmaceutyki
- Kosmetyki lecznicze
Dziś tj. 8 kwietnia 2024 r. wyjątkowo obchodzimy Uroczystość Zwiastowania Najświętszej Maryi Pannie, święto patronalne Prowincji Polskiej Zakonu Bonifratrów, która z uwagi na Wielki Tydzień została przeniesiona z 25.03.2024 r.
W kaplicy warszawskiego konwentu została odprawiona uroczysta Msza św. z udziałem O. Prowincjała, Franciszka Salezego Chmiela, Przeora konwentu, br. Pawła Kulki, braci wspólnoty warszawskiej, mieszkańców domu oraz współpracowników warszawskiego oddziału BCM, konwentu i kurii prowincjalnej, której przewodniczył o. prof. Paweł Warchoł z zakonu franciszkanów, specjalista mariologii.
Podczas homilii kaznodzieja, o. Paweł nawiązał do postawy Maryi, która wolna od grzechu pierworodnego przez swoje Fiat, przyjęła z miłości do swojego łona Chrystusa Odkupiciela, podejmując współpracę w dziele naszego zbawienia. W kontekście Jej bliskości do Zakonu Bonifratrów przywołał wezwania z Litanii Loretańskiej – Uzdrowienie Chorych i Pocieszycielko Strapionych, których przyzywamy prosząc o Jej orędownictwo. Kaznodzieja nawiązał także do św. Jana Pawła II, który podczas swojego pontyfikatu mówił, że Kościół jest również maryjny. Pokazuje to wyraźnie znaczenie Jej osoby w historii zbawienia. Stosując paralelę odnoszącą się do otwartości Maryi o. Paweł nawiązał do Założyciela Zakonu Jana Bożego, który jak Ona odpowiedział sercem na wezwanie Chrystusa i podjął realizację niesienia pomocy chorym, potrzebującym i ubogim.
Prowincjał w podziękowaniu o. Pawłowi Warchołowi na koniec Mszy św. nawiązał między innymi do działalności apostolskiej Zakonu w Nazarecie, w którym przez kilka lat jako przełożony lokalnej wspólnoty składającej się ze współbraci z Polskiej Prowincji Zakonu Bonifratrów pw. Zwiastowani Najświętszej Maryi Panny realizował charyzmat św. Jana Bożego.
